Lindenborg kan føres tilbage til år 1367, da Lindenborg hed Næs. Den nuværende hovedbygning er opført i 1583 - 1616 og bortset fra enkelte ændringer er slottets ydre bevaret i sin oprindelige opførelse.

Efter diverse skiftende ejere købte den kun 38-årige dynamiske købmand Heinrich Carl Schimmelmann Lindenborg af grev Moltke fra Bregentved. Samme år som han købte Lindenborg skaffede han regeringen store lån og blev optaget som medlem af overskattedirektionen. Han fik senere titel af skatmester og ledede statens financer til hans død i 1782.

I 1770 blev han ophøjet til grevestanden og ved sin død efterlod han sig en formue på mellem 5 og 10 millioner rigsdaler. Lindenborg Gods var til sammenligning købt for ca. 200.000 rigsdaler.

Hans søn Ernst Heinrich overtog derefter Lindenborg, og hans navn er kendt fra historiebøgerne i forbindelse med stavnsbåndets ophævelse i 1788 og som landets finansminister, idet han ledede statens pengesager, da statsbankerotten kom i 1813.

Han døde barnløs og Lindenborg blev overtaget af en brorsøn - Carl, der døde 2 år senere.

I 1978 etablerede Birthe Schimmelmann og arvingerne Den Schimmelmannske Fond og overdrog hovedbygningerne til denne fond, som bl.a. skal sikre, at Slottet bevares samt sikre og underbygge det økonomiske grundlag på en sund forretningsmæssig basis under A/S Lindenborg Gods, herunder at erhverve aktier i A/S Lindenborg Gods.

I 1992 erhvervede A/S Lindenborg Gods 90 % af anparterne i Lindenborg Avlsgård.

I 1991 blev der opbygget en traditionel koncernstruktur omkring virksomhederne under A/S Lindenborg Gods. Dette medførte, at selve driften af skoven blev overgivet til et nyetableret datterselskab Lindenborg Skovselskab A/S, som ud over at passe egen skov skulle udvikle forretninger inden for andre områder. Samtidig blev Rold Trælasthandel A/S udskilt fra Rold Skov Savværk A/S som en selvstændig enhed, der  skulle udvikle forretningen med handel yderligere.